医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，历经风雨洗礼，已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的省级大型三级甲等综合性医院，在最新一轮（2019年度）全国三级公立医院绩效考核中，跃居第24位，等级A+；在2019年度“复旦版中国医院排行榜”位居全国76位。医院目前由中国科学技术大学与安徽省卫生健康委员会双重管理，以中国科学技术大学管理为主。
医院由总院(院本部)、南区（安徽省脑科医院、安徽省心血管病医院）、西区（安徽省肿瘤医院）、感染病院（合肥市传染病医院）和生殖与遗传分院组成，正在建设老年医学康复中心和北城医院。目前总占地面积（含规划面积）1158亩，总建成面积68.65万平方米，总在建面积(不含规划建筑面积）51.43万平方米。总编制床位2200张，开放床位5450张，设有47个临床医技学科。2020年集团门诊量501.3万人次，出院26.5万人次，手术13.48万台次。与52家县市级医院和社区卫生服务中心组建了医疗联合体，全面托管长丰县人民医院建立紧密型医联体，托管了包河区望湖城社区医疗服务中心建立社区医疗共同体，牵头成立了35个专科联盟，牵头组建了覆盖省内外50余家医院的远程医疗协作网。
医院现有在职职工7141人，其中高级职称1013人。有特聘院士6人、国家级人才称号11人次、国务院及省政府津贴专家124人次、“江淮名医”49人次、省学术技术带头人47人及后备人选61人次，一级主任医师24人。
医院现有国家临床重点专科建设项目6个，省临床重点专科21个,其中优先发展8个，重点专科10个，培育专科3个；安徽省“115”产业创新团队6支。移植技术、微创技术、介入技术、危急重症救治技术、细胞移植和治疗技术等关键技术在多个学科蓬勃开展。入围国家疑难病症诊治能力提升工程项目2项，是国家“示范高级卒中中心”和“中国胸痛中心”。脐血造血干细胞移植技术进入国际先进行列，是目前全球脐血移植病例数最多的中心；独创的侧卧位下直接前方入路髋关节置换技术（LDAA）、股骨近端重建技术在国内外广泛推广；心血管内科 CRT 技术治疗严重心力衰竭连续多年手术量全国领先；脑深部刺激术（DBS）治疗帕金森病等运动障碍性疾病，肺脏、肾脏等多项器官移植技术，精准肝切除术、腹腔镜肝胆手术等技术国内领先；糖尿病领域的研究和治疗获中华糖尿病学分会“科学贡献奖”。
医院是中国科学技术大学临床医学院；是天津医科大学博士生联合培养点、山东大学安徽省医学研究生培养基地、安徽医科大学非直属附属医院、皖南医学院教学医院、蚌埠医学院研究生培养点。有全省医院首个安徽省博士后工作站，硕士学位点21个，博士学位点17个，硕士生导师296人， 博士生导师87人。入选首批国家临床教学培训示范中心，拥有国家住院医师规范化培训基地科室34个，全国首批重点住培专业基地儿科和麻醉科，首批全国神经外科、心血管病学专科医师规范化培训基地，国家卫计委四级妇科内镜手术培训基地，安徽省首批脑卒中筛查与防治基地，安徽省首个国家医师资格考试实践技能考试与考官培训基地、安徽省首批专业技术人员继续教育基地，安徽省首批全科医师师资培训基地，安徽省首家脑胶质瘤诊疗中心、美国心脏协会心血管急救培训基地。
医院坚持科教兴院。着力实施“科研攀登计划”，现具备国家干细胞临床研究机构资质和肿瘤、风湿、内分泌、呼吸等26个专业国家药物临床试验资格，揭牌中国科学院临床研究医院（合肥），建立5个院士实验室，成立5个国家临床医学研究中心安徽省分中心、6个安徽省临床医学研究中心、5个省级重点实验室。和中国科学技术大学共建的肿瘤免疫、智慧医疗、脑衰老及脑疾病、生殖医学、血液学、糖尿病智能化管理等研究中心与国际接轨。主办《立体定向和功能性神经外科》、《中国临床保健杂志》、《临床输血与检验》、《实用防盲技术》等专业杂志。
“十三五”期间，新立项纵向课题近600项，资助经费近1.6亿元；历史首次牵头国家重点研发计划项目1项，首次获批优青、国际（地区）合作与交流项目，持续获批重点项目和区域联合创新基金。首次在Lancet，Cell Research等国际顶级期刊发表论文。SCI论文总数与总影响因子稳步提升，以第一单位发表SCI论文900余篇，高质量SCI论文200余篇。省科技奖、省医学科技奖获奖项目持续增长，共获省科技奖一等奖3项，省医学科技奖一等奖1项，首次获科普奖。
在极不平凡的2020年，全院上下众志成城、共克时艰，抗疫成果受多方肯定。“托珠单抗+常规治疗”免疫治疗方案，写进国家第七、八版防控指南。院党委荣获“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”和“全国先进基层党组织”两项至高荣誉，徐晓玲荣获全国抗击新冠肺炎疫情先进个人，多个集体及个人荣获省、市级表彰。
经过全院职工辛勤努力，医院发展硕果累累，先后获“全国文明单位” “全国卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”、“全国百佳医院”、“第三届全国医院（卫生）文化建设先进单位”、“全国创先争优先进基层党组织”等80余项集体荣誉，100多人次获“中国医师奖”、“全国卫生计生系统先进个人”等国家级、省级荣誉称号。
“十四五”的新征程已经开启，我院将坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻党的十九大和十九届二中、三中、四中、五中全会精神，在省委省政府、中国科学技术大学和安徽省卫生健康委员会的坚强领导下，牢固树立为人民健康服务宗旨，紧抓长三角一体化发展和“科大新医学”两大战略机遇，为创建一流医院和国家区域医疗中心而努力奋进，努力为全省及周边地区人民提供健康保障！
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